ATAC-seq
定義：
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是使用高通量測(cè)序?qū)?/span>Tn5轉(zhuǎn)座酶易接近性染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行測(cè)序分析的一種表觀遺傳學(xué)研究技術(shù)。
該技術(shù)有兩大特點(diǎn)：（1）轉(zhuǎn)座酶只對(duì)開放染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割；（2）轉(zhuǎn)座酶可以同時(shí)對(duì)切割下來的DNA片段的兩端添加測(cè)序接頭。
實(shí)驗(yàn)原理和方法：
（1）收集細(xì)胞或組織，制備細(xì)胞懸液；
（2）加入細(xì)胞膜裂解液，獲得細(xì)胞核；
（3）加入Tn5轉(zhuǎn)座酶，對(duì)處于開放狀態(tài)的DNA進(jìn)行酶切；
（4）回收酶切下來的DNA片段，PCR擴(kuò)增后進(jìn)行二代高通量測(cè)序。
測(cè)序參數(shù)：illumina/BGI平臺(tái)，6G
應(yīng)用方向：
1. 染色質(zhì)開放性圖譜繪制，注釋全基因組調(diào)控元件；
2. 預(yù)測(cè)參與調(diào)控生物學(xué)過程的轉(zhuǎn)錄因子；
結(jié)果示例：
（1）全基因組開放性區(qū)域圖譜分析
不同樣本間基因活性調(diào)控序列圖譜
（2）motif分析預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合蛋白
（3）ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析
基因結(jié)構(gòu)開放狀態(tài)與基因表達(dá)水平關(guān)聯(lián)分析
樣本準(zhǔn)備：
18162769638
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